Como vai?
Muitos iniciante têm dúvidas de como instalar programas em linux.
Principalmente os que estão migrando para o linux.
""Os dois cliques no exe não funciona""

No linux, a extensão de cada arquivo executável, varia dependendo de sua distribuição e base do sistema. Não existe arquivos .exe, eles são exclusivos para Windows.
Um ótimo site para baixar programas para sistema linux é o Super Downloads (http://superdownloads.uol.com.br/linux). Mas é bom estar atento, como mencionado, a sua distribuição linux pode não aceitar arquivos de instalação de outra distribuição linux.

Mas, deixando de lado os pacotes de programa de cada sistema linux, vamos aprender como instalar programas.

A maioria deles podem ser instalados usando os seguintes comandos:

shell> ./configure
shell> make
shell> make install

O ./configure cria um arquivo Makefile, o make compila o programa e make install colocará executáveis, arquivos, etc em seus devidos locais.

Pronto, é só isso.

Deus te abençoe